Un año más tarde repitió, pero no tuvo opción alguna, alcanzando el ascenso el cuadro madrileño del Móstoles. En 1940 el club es federado por segunda vez en la Federación Regional Sur, durante los años 40 y 50 pasa por diferentes categorías tanto provinciales como regionales, principalmente 1ª y 2ª regional, debutando en esta segunda categoría según aparece reflejado en el anuario oficial de la RFEF del año 1942, obteniendo su primer título como campeón provincial en la temporada 1945-46 con la recordada alineación formada por los Cuesta, Mateo, Zapata, Fernández, Villanueva, Reyes, Pérez, Perico, Hilario, Natalio y Ortega, camiseta inglaterra 2022 un once que los aficionados veleños se sabían de memoria.
